LEA
Fakultät für Informatik der Technischen Universität München
Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen
Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München

Proseminar im SS2002:
Algorithmen der Bioinformatik

Dienstags 14 c.t., Raum S2229


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Termine

Mit Vorbesprechung ist der letztmögliche Termin für die Vorbesprechung gemeint. Wer sich bis dahin nicht mit seinem Betreuer in Verbindung gesetzt hat, kann keinen Vortrag mehr halten.

23. April: Andreas Spitzmüller
Thema: Basic Concepts of Molecular Biology
Betreuer: Michal Mnuk
Vorbesprechung: 26. März
30. April: Christian Ivascu
Thema: String Matching: Knuth-Morris-Pratt
Betreuer: Ingo Rohloff
Vorbesprechung: 9.April
7. Mai: Martin Szugat
Thema: String Matching: Boyer-Moore
Betreuer: Ingo Rohloff
Vorbesprechung: 16. April
14. Mai: Fabian Gerick
Thema: String Matching: Karp-Rabin
Betreuer: Klaus Holzapfel
Vorbesprechung: 23. April
21. Mai: Pfingsttferien
28. Mai: Alexander Pöschl
Thema: Sequence Alignment: Pairwise
Betreuer: Stefanie Gerke
Vorbesprechung: 7. Mai
4. Juni: Na Yin
Thema: Sequence Alignment: Multiple
Betreuer: Alex Souza
Vorbesprechung: 14. Mai
11. Juni: Ning Wang
Thema: Biological Data Bases: Sources
Betreuer: Jens Ernst
Vorbesprechung: 21. Mai
18. Juni: Adrian Adler
Thema: Biological Data Bases: Searching
Betreuer: Hanjo Täubig
Vorbesprechung: 28. Mai
25. Juni: Florian Büttner
Thema: Sequence Assembly: Shotgun Sequencing
Betreuer: Moritz Maaß
Vorbesprechung: 4. Juni
2. Juli: Markus Bundschus
Thema: Evolutionary Trees: Character Data
Betreuer: Volker Heun
Vorbesprechung: 11. Juni
9. Juli: Korbinian Schneeberger
Thema: Evolutionary Trees: Distance Methods
Betreuer: Volker Heun
Vorbesprechung: 18. Juni


Zusammenfassung

Nicht zuletzt durch die Datenflut des Human Genome Projects findet in der Biologie momentan ein Paradigmenwechsel statt. Die bei der Genomsequenzierung anfallenden Daten sind so umfangreich, daß bei ihrer Verarbeitung die Methoden der Informatik unerläßlich sind. Aus dieser Notwendigkeit heraus hat sich ein neues und aufregendes Fachgebiet entwickelt: die Bioinformatik. Dabei beschäftigt man sich zum einen mit Algorithmen die zur Strukturaufklärung von DNS-Strängen (der sogenannten Sequenzierung) aus den biotechnisch gewonnenen Daten beitragen, und zum anderen mit Algorithmen, die die Interpretation der gewonnenen Daten unterstützen. Damit ist die Bioinformatik eine der sich am schnellsten entwickelnden und wichtigsten interdisziplinären Anwendungen der Informatik überhaupt.


Als Grundlage für dieses Proseminar dienen einzelne Abschnitte der folgenden Bücher (alphabetische Sortierung):

Es gibt auch eine detaillierte Themenliste mit Literaturangaben.


Hinweise zur Gestaltung der Vorträge

* Merkblatt zur Gestaltung eines Seminarvortrags. (Die Tips auf diesem Merkblatt sind keine offiziellen Anforderungen oder Bewertungskriterien der TU München, sondern aus der Praxis eines Seminarleiters heraus entstandene Ratschläge.)
* Tips zur Erstellung von Folien mit LaTeX (einschließlich Rahmen-Datei als Vorlage)
* Ian Parberry's Speaker's Guide (Hinweise zum Halten von wissenschaftlichen Vorträgen, insbesondere in der theoretischen Informatik)


Weitere Auskünfte erteilt Volker Heun.


Volker Heun, 2002-01-27