LEA
Fakultät für Informatik der Technischen Universität München
Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen
Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München

Proseminar im SS2002
Algorithmen der Bioinformatik


  1. Basic Concepts of Molecular Biology:
    Literatur:
  2. String Matching: Knuth-Morris-Pratt:
    Literatur:
    • Gusfield, Kapitel 1,2,3,4
    • Heun, Kapitel 6
    • Rohloff, Manuskript
  3. String Matching: Boyer Moore:
    Literatur:
    • Gusfield, Kapitel 1,2,3,4
    • Heun, Kapitel 6
    • Rohloff, Manuskript
  4. String Matching: Karp-Rabin:
    Literatur:
    • Gusfield, Kapitel 4
  5. Sequence Alignment:Pairwise
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.2, 3.3.
  6. Sequence Alignment: Multiple
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.4.
    • Pevzner, Kapitel 7.
  7. Biological Data Bases: Sources and Formats
    Literatur:
    • Rashidi-Bühler, Kapitel 2.
    • Mount, Kapitel 2.
    • Attwood-Parry-Smith, Kapitel 3,4
    • Eigene WWW-Recherche.
  8. Biological Data Bases: Searching
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.5.
    • Gusfield, Kapitel 15.
    • Mount, Kapitel 7.
  9. Sequence Assembly:Shotgun Sequencing
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5.
  10. Evolutionary Trees: Reconstruction from Character Data
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.1, 6.2, 6.3, 6.4.
  11. Evolutionary Trees: Reconstruction from Distance Matrices
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.5, 6.6.

Die ausführliche Themenliste ist auch als PostScript-Datei verfügbar.


Volker Heun, 2002-01-27