Fakultät für Informatik der Technischen Universität München Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München

Proseminar im WS2002/03
Algorithmen der Bioinformatik

1. Basic Concepts of Molecular Biology:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 1.
   • Clote-Backofen, Kapitel 1.
   • Waterman, Kapitel 1.
2. String Matching: Knuth-Morris-Pratt:
   Literatur:
   • Gusfield, Kapitel 1,2,3,4
   • Heun, Kapitel 6
   • Rohloff, Manuskript
3. String Matching: Boyer Moore:
   Literatur:
   • Gusfield, Kapitel 1,2,3,4
   • Heun, Kapitel 6
   • Rohloff, Manuskript
4. String Matching: Karp-Rabin:
   Literatur:
   • Gusfield, Kapitel 4
5. Suffix-Trees: Simple Algorithms and Applications
   Literatur:
   • Gusfield, Kapitel 5, 6.4, 7.1 7.3-7.6
6. Sequence Alignment:Pairwise
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.2, 3.3.
7. Sequence Alignment: Multiple
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.4.
   • Pevzner, Kapitel 7.
8. Biological Data Bases: Resources and Formats
   Literatur:
   • Rashidi-Bühler, Kapitel 2.
   • Mount, Kapitel 2.
   • Attwood-Parry-Smith, Kapitel 3,4
   • Eigene WWW-Recherche.
9. Biological Data Bases: Searching
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.5.
   • Gusfield, Kapitel 15.
   • Mount, Kapitel 7.
10. Sequence Assembly:Shotgun Sequencing
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5.
11. Evolutionary Trees: Reconstruction from Character Data
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.1, 6.2, 6.3, 6.4.
12. Evolutionary Trees: Reconstruction from Distance Matrices
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.5, 6.6.

Die ausführliche Themenliste ist auch als PostScript-Datei verfügbar.