LEA

DNA helix
  • Leitung:
    Riko Jacob, Johannes Krugel
  • Modul: IN0013, TUMonline
  • Bereich:
    2 SWS Proseminar im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik)
  • Zeit und Ort:
    Mittwoch, 16:00–17:00 in Seminarraum 03.11.018
  • Schein:
    Einen Seminarschein erhält, wer einen Vortrag gehalten, eine Ausarbeitung geschrieben und regelmäßig am Seminar teilgenommen hat.
  • Hörerkreis:
    Studierende im Grundstudium der Informatik
    Studierende im Bachelorstudiengang Informatik
    Studierende mit Nebenfach Informatik
  • Voraussetzungen:
    Voraussetzung für die Teilnahme am Proseminar sind neben Interesse an Algorithmen, auch Englischkenntnisse, die ausreichend für die Bearbeitung der ausschließlich englischsprachigen Literatur sein müssen.

Zusammenfassung

Nicht zuletzt durch die Datenflut des Human Genome Projects findet in der Biologie ein Paradigmenwechsel statt. Die bei der Genomsequenzierung anfallenden Daten sind so umfangreich, daß bei ihrer Verarbeitung die Methoden der Informatik unerläßlich sind. Aus dieser Notwendigkeit heraus hat sich ein neues und aufregendes Fachgebiet entwickelt: die Bioinformatik. Dabei beschäftigt man sich zum einen mit Algorithmen die zur Strukturaufklärung von DNA-Strängen (der sogenannten Sequenzierung) aus den biotechnisch gewonnenen Daten beitragen, und zum anderen mit Algorithmen, die die Interpretation der gewonnenen Daten unterstützen. Damit ist die Bioinformatik eine der sich am schnellsten entwickelnden und wichtigsten interdisziplinären Anwendungen der Informatik überhaupt.

Das Ziel eines Proseminar ist einerseits die vertieften inhaltlichen Auseinandersetzung mit einem Thema. Andererseits dient ein Proseminar aber auch dazu, die Fähigkeiten im Ausarbeiten und Halten von Vorträgen zu verbessern, und wir werden versuchen, Sie dabei zu unterstützen. Dazu gehören aus aktuellem Anlass auch die Grundlagen wissenschaftlichen Arbeitens, beispielsweise das korrekte Zitieren.

Termine

01.06.2011MikulaschSequenzalignments: Needleman-Wunsch-Algorithmus, Hirschberg-Algorithmus, Smith-Waterman-Algorithmus
15.06.2011KochSuffix-Bäume: Konstruktionsalgorithmus von Ukkonen
22.06.2011MerkleSuffix-Bäume: Effiziente praktische Anwendungen
29.06.2011MautzPattern Matching: Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore
13.07.2011NathanSequenzalignments heuristisch: BLAST-Algorithmus
22.07.2011Abgabe der Ausarbeitungen

Hinweise

Vorbereitung
Jeder Studierende wählt ein Thema, sucht sich relevante Literatur und verschafft sich einen ‹berblick über das Thema. Dann vereinbart sie/er einen Termin mit dem Betreuer, um die verwendete Literatur und den Themenschwerpunkt abzusprechen.
Probevortrag
Vor dem Vortragstermin wird dann die Präsentation mit dem Betreuer durchgesprochen. Zu diesem Zeitpunkt muss auch mindestens das Inhaltsverzeichnis der Ausarbeitung vorliegen. Beim Probevortrag präsentiert jeder Studierende sein Thema einem Kommilitonen, der dann dazu konstruktive Kritik äußert.
Seminarvortrag
Der Seminarvortrag dauert 45 ± 5 Minuten. Nach dem Vortrag hat das Publikum die Möglichkeit, Fragen zu stellen.
Seminararbeit
Eine erste Version der Ausarbeitung wird einem Kommilitonen zur Verfügung gestellt, der dann eine kurze Kritiken schreibt. Die Endfassung der Seminarbeit ist als LaTeX-Datei und PDF-Datei abzugeben. Der Umfang der Seminararbeit beträgt 5 ± 1 Seiten (ohne Inhalts- und Literaturverzeichnis). Eine LaTeX-Vorlage für die Ausarbeitung findet sich in diesem Ordner.
Anwesenheit
Jeder Studierende muss bei allen Vorträgen anwesend sein und sich aktiv an der Diskussion beteiligen.