Fakultät für Informatik - Technische Universität München Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen

2 Systementwicklungsprojekte (SEP/FoPra)

Im Rahmen des Projekts "Graph-Basierte Visualisierung und Analyse Metabolischer Netzwerke" wird derzeit ein Software-Tool entwickelt, mit dem biochemischen Abläufe innerhalb einer Zelle als Graph-Basiertes Netzwerk modelliert werden sollen. Die so entstehenden großen Netzwerke bieten die Möglichkeit, Daten und Erkenntnisse aus unterschiedlichen Bereichen wie Biochemie, Genetik, Molekularbiologie und Medizin in ein gemeinsames Modell zu integrieren und daraus neue, komplexere Erkenntnisse abzuleiten. Dabei ist es möglich, konkrete biologische/biochemische Fragestellungen mit Themen aus der theoretische Informatik (z.B. Netzwerkanalyse und Graph-Layout) direkt zu verbinden. Im Rahmen dieses Projektes werden folgende Systementwicklungsprojekte angeboten:

• SEP Wrapperentwicklung: Sie sollen im Rahmen der Arbeit dynamisch ladbare Module (Plugins) entwickeln, die es ermöglichen, Informationen aus "klassischen" Datenbanken der Biologie/Biochemie (Kegg, ExPasy, Brenda, BioCyc) in das Softwaretool zu integrieren, sowie Graphdaten in Standardfileformaten (XML, GML) zu im- und exportieren.

• SEP Graph-Visualisierungskomponente: Sie sollen im Rahmen der Arbeit ein Plugin entwickeln, das Netzwerke graphisch darstellt. Die Visualisierung soll auf Basis der Bibliothek Qt implementiert werden. Teil der Implementierung ist ein Dialog, der das Benutzerinterface des Hauptprogramms zur Laufzeit erweitert, und über den die Parameter des Layoutalgorithmus festgelegt werden können.

Voraussetzungen

• Gute Kenntnisse in C/C++
• Grundlegendes Wissen zur STL, Qt