LEA
Fakultät für Informatik der Technischen Universität München
Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen
Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 Mün;chen

Übungen zur Vorlesung
Algorithmische Bioinformatik


Hinweise zum Übungsbetrieb:

* Leitung: Jens Ernst
* Zeit und Ort: Do 15h s.t. - 16:30, Hörsaal 0601
Beginn am 25. Oktober
* Abgabe: In der Regel donnerstags in der Übung.
* Leistungsnachweis: Einen Schein erhält, wer die Semstralprüfung erfolgreich absolviert. Um zur Semestralprüfung zugelassen zu werden, sind die Übungen regelmäßig zu besuchen, und es sind mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben zu erreichen.


Informationsblätter

* Infoblatt 1 * aktualisierte Fassung
* Infoblatt 2


Übungsblätter und Lösungsvorschläge

* Übungsblatt 1 Lösungsvorschlag 1
* Übungsblatt 2 Lösungsvorschlag 2
* Übungsblatt 3 Lösungsvorschlag 3 (vorfäufige Lösung)
* Übungsblatt 4 Lösungsvorschlag 4 (vorfäufige Lösung)
* Übungsblatt 5 Lösungsvorschlag 5 (vorfäufige Lösung)
* Übungsblatt 6 Programme zu Blatt 6 s.u.
* Übungsblatt 7 Lösungsvorschlag 7
* Übungsblatt 8 Lösungsvorschlag 8
* Übungsblatt 9 Lösungsvorschlag 9
* Übungsblatt 10 Lösungsvorschlag 10
* Übungsblatt 11 Lösungsvorschlag 11
* Semestralklausur Lösungsvorschlag


Sonstiges

* C-Programm für die naive Methode
* C-Programm für KMP
* C-Programm für Boyer-Moore mit Bad-Character-Rule
* C-Programm für Boyer-Moore mit Strong-Good-Sufix-Rule
* C-Programm für Boyer-Moore mit Bad-Character-Rule und Strong-Good-Suffix-Rule
* Aminosäuredaten für A.Thaliana (gzipped, 1.8MB) mit Suchmuster
* DNA-Daten für A.Thaliana (gzipped, 8.2MB) mit Suchmuster
* DNA-Daten für Chromosome I (gzipped, 11.2MB) mit Suchmuster der Länge 10
* DNA-Daten für Chromosome I (gzipped, 11.2MB) mit Suchmuster der Länge 15

Die Programme erwarten ihre Eingabe von stdin. Dabei sind Zeilen mit > am Anfang Kommentarzeilen (wie in vielen Datenbanken), und Zeilen (besser Zeile) mit % am Anfang defienieren den Suchstring. Der Aufruf erfolgt also z.B. mit ./kmp < daten.faa. Da die Daten recht groß sind, kann man sie auch gzipped liegen lassen und ruft dann gzip -dc daten.fna | ./kmp auf.


Jens Ernst