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Fakultät für Informatik - Technische Universität München

Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen

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Oberseminar Theoretische Informatik SS 04

Brauer, Mayr, Veith

Mittwochs um 14:00 Uhr s.t., Raum MI 03.11.018


*Mi, 28.04.2004
Sebastian Wernicke
On the Algorithmic Tractability of Graph Bipartization Related to Haplotyping Problems
Die Analyse von Haplotypen hat sowohl in der Phylogenetik wie auch Pharmakogenetik eine große Bedeutung. Um die enstsprechenden Daten zu erhalten, ist eine Sequenzierung der einzelnen DNA Stränge notwendig, was sich jedoch in der Praxis häufig als zu Aufwendig herausstellt. Daher möchte man Methoden zur Verfügung haben, welche aus den Daten einer einmaligen Sequenzierung zweier DNA Stränge die Sequenz jedes einzelnen Strangs ergeben.
Diese Aufgabe lässt sich auf das NP-vollständige Problem der Graphbipartisierung zurückführen, für das im Vortrag ein effizientes Verfahren zur exakten Lösung mit Hilfe von Datenreduktionsverfahren vorgestellt wird.
*Mi, 05.05.2004
Michael Köhler, FB. Informatik, Universität Hamburg
Objektnetze - Definition und Eigenschaften

Gegenstand des Vortrags sind die theoretischen Eigenschaften des Formalismus der Objekt-Petrinetze, kurz: der Objektnetze. Dieser Formalismus erweitert die Petrinetztheorie insofern, als dass nicht nur Werte als Marken zugelassen sind, sondern sogar Objekte mit innerer Aktivität. Für Objektnetze werden diese Objekte wiederum durch Petrinetze beschrieben, so dass sich "Netze in Netzen" befinden. Die rekursive Verschachtelung von Petrinetzen ist prinzipiell unbeschränkt.

Um Objektnetze in den formalen Kontext der allgemeinen Petrinetztheorie einzuordnen, wird untersucht, welche Ausdrucksmächtigkeit der Formalismus besitzt. Es ist zu klären, inwieweit sich die strukturellen Eigenschaften auf Objektnetze übertragen. Weiterhin sind Entscheidbarkeitsfragen (wie beispielsweise das Erreichbarkeits- oder das Beschränktheitsproblem) zu analysieren.

*Mi, 12.05.2004
Moritz Maaß
Average-Case Analysis of Approximate Trie Search
For the exact search of a pattern of length m in a database of n strings the trie data structure allows an optimal lookup time of O(m). If errors are allowed between the pattern and the database strings, no such structure with reasonable size is known. Using a trie some work can be saved and running times superior to the comparison with every string in the database can be achieved. We investigate a comparison-based model where ``errors'' and ``matches'' are defined between pairs of characters. When comparing two characters, let p be the probability of an error. Between any two strings we bound the number of errors by D, which we consider a function of n. We study the average-case complexity of the number of comparisons for searching in a trie in dependence of the parameters p and D. Our analysis yields the asymptotic behavior for memoryless sources with uniform probabilities. It turns out that there is a jump in the average-case complexity at certain thresholds for p and D. Our results can be applied for any comparison-based error model, for instance, mismatches (Hamming distance), don't cares, or geometric character distances.
*Mi, 19.05.2004
Sonderkolloquium: Thomas Erlebach, ETH Zürich
Wavelength Conversion in Optical Networks with Shortest-Path Routing
All-optical networks offer the capacity that is required to meet the ever-increasing demands for transmission bandwidth. A connection is established by assigning it a wavelength and a path from transmitter to receiver. Wavelength blocking can reduce the usable capacity of the network. The use of wavelength converters has been proposed in order to alleviate this problem. While previous work on wavelength converter placement has studied the case where arbitrary sets of paths must be accomodated, we focus on the variant of the problem where all connections are routed along shortest paths. We present efficient algorithms for deciding whether a placement of wavelength converters allows the network to run at maximum capacity, and for finding an optimal wavelength assignment if such a placement of converters is given. Concerning the problem of computing an optimal converter placement, we prove MAX SNP-hardness. Devising a good approximation algorithm remains an interesting open problem.
This is joint work with Stamatis Stefanakos.
*Mi, 26.05.2004
Stefan Eckhardt
Distanz Approximierende Spannbäume
Inhalt des Vortrages sind "Distanz Approximierende Spannbäume" und "absolut distanz optimierte Spannbäume". In der Literatur wurden einige Präzidenzfälle zu beiden Themen bereits untersucht, z.B. t-multiplikative Spannbäume, allemeine k-additive Spanner oder "Optimum Communication Spanning Trees". Spanner haben als Synchronisierer in einer Multiprozessorumgebung und als Hilfsmittel in der Netzwerkanalyse ihre Anwendung. In allen Arbeiten soll der gesuchte Spannbaum einen Wert bezüglich eineer bestimmte Matrixnorm auf seiner Distanzmatrix optimieren, bzw. den Unterschied zwischen seiner Distanzmatrix und der des ursprünglichen Graphen bezüglich einer bestimmten Norm und unter bestimmten Nebenbedingungen (z.b. Vorgabe einer bestimmten Teilmenge der Kanten als fix) minimieren. Es wurden neue NP-Vollständigkeitsresultate gezeigt, eines soll exemplarisch vorgestellt werden.
*Mi, 02.06.2004
Dmytro Chibisov
(1) Spatial planing and geometric optimization: combining energy and configuration space methods using functional representation of semi-algebraic point sets. (joint work with Sergei Pankratov) and (2) Domain decomposition by computing invariant matrix groups of functional representation of semi-algebraic point sets. (joint work with V. Ganzha, E. Vorozhtsov)

1. We consider the problem of translational and rotational motion of a geometric object avoiding obstacles of a particular shape. The position and orientation of the geometric object to be moved is represented as a single point in a configuration space. The configurations forbidden to this object, due to the presence of obtacles, can be characterized as regions in this configuration space, called configuration space obstacles. The geometric object to be moved as well as obstacles are defined by non-linear inequalities. The algorithm that computes the configuration space obstacles (so-called Minkowski sum of semi-algebraic point sets) using functional representation of point sets (so-called R-Functions) will be discussed. R-Functions define a potential field, which "moves" the object avoiding any collisions.

2. Domain decomposition method is a well-known family of approaches to parallelization of the numerical solution of Partial Differential Equations (PDE's). In the case of Finite Element Method (FEM), the PDE is reduced to the system of linear algebraic equations. The unknowns in this system are values of the solution function at the particular spatial positions in the entire of the domain. Domain decomposition leads to efficient decoupling of a system of linear equations, which can be solved independently, for example, on several parallel processors. We show, how complicated geometric domains can be represented in functional form using so-called R-Functions. The latter enable one to define complicated domains in terms of it\x{2019}s primitive parts usng set-theoretic operations. We decompose the complicated domain described with the aid of R-Functions into symmetric parts by computing the invariant matrix group of primitive parts. Our recent idea is to facilitate the symbolic abilities of computer algebra and to solve the PDE with symbolic boundary conditions. This allows one to calculate the solution of the PDE only on one of the symmetric parts. The overall solution can be assembled using the symmetry information. This approach allows to speed up the numerical computation by factor 2 to 8. The advancing front triangulation of decomposed parts as well as finite element simulation on the resulting unstructured grid will be discussed.

*Mi, 09.06.2004
Thomas Bayer
Intersections of Polynomial Rings and Modules with Applications

Es werden die zwei zunächst unzusammenhängende Probleme der Berechnung des Schnittes von Ringen und Moduln sowie der Stratifizierung von linearen Aktionen kompakter Lie Gruppen betrachtet. Die Verbindung zwischen den beiden Problemen liegt in der Invariantentheorie von algebraischen Gruppen.

Es werden neue Algorithmen zur Berechnung des Schnittes von endlich erzeugten graduierten Ringen bzw. graduierten Moduln, und zur Berechnung von Invariantenringen und von Äquivarianten vorgestellt. Weiters wird ein neuer Zugang zur Berechnung von Stratifikationen von Aktionen kompakter Lie Gruppen vorgestellt, der auch die Berechnung von einzelnen Strata ermöglicht. Es wird gezeigt, dass zur Beschreibung eines d-dimensionalen Stratum maximal d Ungleichungen benötigt werden, was sich als optimal herausstellt.

*Mi, 23.06.2004
Stefan Pfingstl
Datenerfassung mit Wrapper - Probleme und Loesungsansaetze
Die bibliographische Datenbank LEABiB besteht nun schon seit ca. 20 Jahren am Lehrstuhl fuer effiziente Algorithmen. Seit ca. einem Jahr werden die Daten nicht mehr manuell sondern mit Hilfe von Wrappern erfasst. Es werden die Probleme und Loesungsansaetze der automatischen Daten-Erfassung vorgestellt.
*Mi, 30.06.2004
Prof. Helmut Veith
Model Checking und die Komplexitaet von Graphproblemen
Model Checking ist eine praktisch erfolgreiche Methode zur Verifikation von Hard- und Software, in der Logik und Algorithmik Hand in Hand gehen. Die zentrale technische Herausforderung ist der Umgang mit graphbasierten Modellen enormer Groesse, fuer die selbst lineare Algorithmen ungeeignet sind.

In diesem Vortrag betrachten wir die Entwicklungsschuebe der Verifikationstools im Ueberblick, und gehen danach auf neuere Resultate zur Dekomposition unendlicher Systeme im Detail ein.

*Mi, 07.07.2004
Entfällt
(Raum ist durch die Vorbesprechung der Ferienakademie besetzt.)
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*Mi, 14.07.2004
Jens Ernst (Entfällt)
tba
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* Do, 15.07.2004, 13:00 Uhr s.t.neu
Dr. Werner Meixner
Informatische Logik und operative Mengenlehre
Die mathematische Logik und die Mengenlehre werden relativiert durch Einbettung in eine informatische Logik und eine operative Mengenlehre. Einerseits wird dadurch der grundlagentheoretische Anschluß der Logik zur Quantenlogik der Physik hergestellt. Andererseits wird eine Formalisierung der Semantik logischer Prozesse geleistet, die sowohl die operative als auch die relationale Semantik umfaßt. Schlüssel für die Relativierung ist die Ablösung des überkommenen Existenzbegriffs der Logik und Philosophie durch den Begriff der sogenannten "erzeugten Existenz". In diesem Sinne existente Objekte sind begrifflich "Leerstellen". Ihre Bedeutung bzw. ihre Eigenschaften erhalten erzeugte Objekte durch die Historie der zur Anwendung gekommenen Operationen. Das Ausgangsziel einer Beseitigung von Antinomien der klassischen Mengenlehre wird erreicht durch Einführung der operativen Mengenlehre.
*Mi, 21.07.2004
Stefan Katzenbeisser
Secure Watermark-based Authentication of Digital Media
The increasing availability of sophisticated multimedia technology has made the manipulation of digital images, videos or audio files easy. While this enables numerous new applications, a certain loss of trust in digital media can be observed, as there is no guarantee that a multimedia object was not intentionally modified. To counteract this risk, fragile watermarks were proposed to protect the integrity of digital multimedia objects. In high security applications, it is necessary to be able to reconstruct the original object out of the watermarked version. This can be achieved by the use of invertible watermarks. While traditional watermarking schemes introduce some small non-invertible distortion in the digital content, invertible watermarks can be completely removed from a watermarked work. In this talk we show how invertible watermarks can be used to construct provably secure schemes that allow to verify the integrity and authenticity of multimedia objects.
*Mi, 28.07.2004
Kostyantyn Titorenko (Ansprechpartner: Peter Ullrich)
Some applications of hyperelliptic curves in Cryptography
There are two algorithmically difficult mathematical problems mainly exploited by public key cryptography - factorization and the discrete logarithm on elliptic curves. This report will present hyperelliptic curves (generalization of elliptic curves), which were proposed for cryptographic use by Koblitz in 1989, and still are the object of extensive research.
*Do, 23.09.2004
Dr. Ely Porat (Bar-Ilan Univ.)
Pattern matching with at most k-errors
The string matching with mismatches problem is that of finding the number of mismatches between a pattern P of length m and every length m substring of the text T. Currently, the fastest algorithms for this problem are the following. The Galil-Giancarlo algorithm finds all locations where the pattern has at most k errors (where k is part of the input) in time O(nk). The Abrahamson algorithm finds the number of mismatches at every location in time O(n sqrt(m log m)). We present an algorithm that is faster than both. Our algorithm finds all locations where the pattern has at most k errors in time O(n sqrt(k log k)). We also show an algorithm that solves the above problem in time O((n + (nk3)/m) log k).

Moritz Maaß