Vorlesungen Grundlagen: Algorithmen und Datenstrukturen Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen II Netzwerk-Algorithmen Algorithmische Bioinformatik I Proseminar Algorithmen der Computergrafik Hauptseminar Algorithmische Geometrie Praktikum Diskrete Optimierung Lehrveranstaltungen für Doktoranden Oberseminar

Algorithmische Bioinformatik I

Dozent:
Dr. Hanjo Täubig
Modul: IN2179
Bereich:
4+2 SWS Vorlesung im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik)
Vertiefende Vorlesung im Gebiet Algorithmen
Zeit und Ort:
Dienstag, 10:15-11:45, MI 00.08.038
Donnerstag, 12:15-13:45, MI 00.08.038
Übung:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Donnerstag, 10:15-11:45, Raum MI 03.11.018
Übungsleitung: Johannes Nowak
Schein:
Einen Schein erhält, wer erfolgreich an der Prüfung teilnimmt.
Hörerkreis:
Studierende im Hauptstudium der Informatik
Studierende mit Nebenfach Informatik
ECTS: 8 Punkte
Voraussetzungen:
Stoff des Informatik Grundstudiums
Vorlesung Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen I vorteilhaft, aber nicht notwendig.
Empfehlenswert für:
Erweiterte Kenntnisse im Bereich Algorithmen
Inhalt:
1. Molekularbiologische Grundlagen
2. Algorithmen zur Textsuche
3. Paarweises Sequenzen-Alignment
4. Mehrfaches Sequenzen-Alignment
5. Fragment Assembly
Weiterführende bzw. verwandte Vorlesungen:
Algorithmische Bioinformatik II
Skript:
Die Folien zur Vorlesung basieren auf dem Skript von Prof. Heun.
Literatur:
- P. Clote, R. Backofen:
  Computational Molecular Biology - An Introduction,
  John Wiley & Sons, 2000.
- N. C. Jones, P. A. Pevzner:
  An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
  MIT Press, 2004.
- P. A. Pevzner:
  Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach,
  MIT Press, 2000.
- J. Setubal, J. Meidanis:
  Introduction to Computational Molecular Biology,
  Brooks/Cole Publishing Company, 1997.
- M. S. Waterman:
  Introduction to Computational Biology - Maps, Sequences and Genomes,
  Chapman & Hall/CRC, 2000.
Sprechstunde:
siehe hier