Vorlesungen Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen II Algorithmische Bioinformatik I Algorithmen für die Speicherhierarchie Perlen der Informatik IV Python for Fine Programmers Proseminar Algorithms for daily life Praktikum Diskrete Optimierung Lehrveranstaltungen für Doktoranden Oberseminar

Algorithmische Bioinformatik I

• Dozent:
  Dr. Hanjo Täubig
• Modul: IN2179
• Bereich:
  4+2 SWS Vorlesung im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik)
  Vertiefende Vorlesung im Gebiet Algorithmen
• Zeit und Ort:
  Dienstag, 15:15-16:45, MI Hs 2
  Freitag, 13:15-14:45, MI Hs 3
• Übung:
  2 SWS Übung zur Vorlesung
  Freitag, 15:15-16:45 Uhr, MI 03.11.018
  Übungsleitung: Johannes Krugel
• Klausur:
  während des letzten Vorlesungstermins (also 24.07.2009 13:15 Uhr)
• Schein:
  Einen Schein erhält, wer erfolgreich an der Prüfung teilnimmt.
• Hörerkreis:
  Studierende im Hauptstudium der Informatik
  Studierende mit Nebenfach Informatik
• ECTS: 8 Punkte
• Voraussetzungen:
  Stoff des Informatik Grundstudiums
  Vorlesung Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen I vorteilhaft, aber nicht notwendig.
• Empfehlenswert für:
  Erweiterte Kenntnisse im Bereich Algorithmen
• Inhalt:
  1. Molekularbiologische Grundlagen
  2. Algorithmen zur Textsuche
  3. Paarweises Sequenzen-Alignment
  4. Mehrfaches Sequenzen-Alignment
  5. Fragment Assembly
• Weiterführende bzw. verwandte Vorlesungen:
  Algorithmische Bioinformatik II
  
• Folien:
  
  • 21.04.2009 (Molekularbiologische Grundlagen)
  • 24.04.2009 (Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus)
  • 28.04.2009 (Aho-Corasick-Algorithmus)
  • 05.05.2009 (Aho-Corasick-Algorithmus, Boyer-Moore-Algorithmus)
  • 08.05.2009 (Boyer-Moore-Algorithmus)
  • 15.05.2009 (Boyer-Moore-Algorithmus, Suffix Tries)
  • 19.05.2009 (Suffix Tries, Suffix Trees)
  • 22.05.2009 (Suffix Trees, Ukkonen-Algorithmus)
  • 29.05.2009 (Analyse Ukkonen-Algorithmus, Edit Distanz)
  • 05.06.2009 (Alignment, Edit-/Alignment-Distanz, Alignment-Distanz/-Ähnlichkeit)
  • 09.06.2009 (Globale Alignments, Needleman-Wunsch-Algorithmus, Hirschberg-Verfahren)
  • 16.06.2009 (Hirschberg-Verfahren, Semiglobale und lokale Alignments)
  • 19.06.2009 (Allgemeine, affine und konkave Lückenstrafen)
  • 26.06.2009 (Konkave Lückenstrafen)
  • 03.07.2009 (Fragment Assembly)
  • 10.07.2009 (Fragment Assembly)
  • 13.07.2009 (Suffix Arrays)
• Skript:
  Die Folien zur Vorlesung basieren auf dem Skript von Prof. Heun.
• Literatur:
  
  • P. Clote, R. Backofen:
    Computational Molecular Biology - An Introduction,
    John Wiley & Sons, 2000.

  • N. C. Jones, P. A. Pevzner:
    An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
    MIT Press, 2004.

  • P. A. Pevzner:
    Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach,
    MIT Press, 2000.

  • J. Setubal, J. Meidanis:
    Introduction to Computational Molecular Biology,
    Brooks/Cole Publishing Company, 1997.

  • M. S. Waterman:
    Introduction to Computational Biology - Maps, Sequences and Genomes,
    Chapman & Hall/CRC, 2000.

• Sprechstunde:
  siehe hier